• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Магистерская программа «Математические методы моделирования и компьютерные технологии»

Четвёртый семинар «Суперкомпьютерное и многомасштабное моделирование конденсированного состояния и живых систем»

На семинаре 15 мая 2018 года к.ф.-м.н. Полянский А.А. из ИБХ РАН  прочитал лекцию на тему "Молекулярный механизм активации рецептора фактора роста тромбоцитов, опосредованный его трансмембранным доменом". В докладе представлены результаты комплексного исследования с использованием современных методов компьютерного молекулярного моделирования и биохимических экспериментов. Результатом стала модель активации этого рецептора, описание принципа работы онкогенной мутации и предложенная компенсирующая мутация в трансмембранном домене.

Антон Полянский рассказывает о роли формирования димера при работе мембранного рецептора PDGFRa.

Рецепторные тирозинкиназы (РТК) – важный класс битопных (т.е. пронизывающих мембрану насквозь) мембранных белков, регулирующих пролиферацию и рост клеток. В процессе димеризации трасмембранные домены РТК передают аллостерический сигнал от внеклеточной части рецептора, связывающей лиганды, внутрь клетки, в следствие чего киназные домены вступают в реакцию автофосфорилирования и запускают каскад сопряженных реакций. Мутации в трасмембранном домене способны активировать рецептор в свободном состояние (без лиганда), что может служить причиной развития серьезных заболеваний, в том числе рака. Для понимания механических аспектов активации РТК, вызванной мутациями в трансмембранном домене, в качестве модельной системы мы выбрали рецептор  тромбоцитарного фактора роста человека (PDGFRa), который играет важную роль в процессе эмбриогенеза, а также активируется в различных опухолях. В исследовании использовали вычислительную платформу, включающую структурную биоинформатику и расчеты молекулярной динамики для поиска новых мутаций, модулирующих димеризацию трансмембранных доменов и последующую активацию рецептора, а также ЯМР спектроскопию и эксперименты на клетках для подтверждения полученных моделей. Совместное использование моделирования и экспериментов позволили выявить структурно-динамические детерминанты спонтанной активации рецептора, а также предложить модели активного и неактивного состояний его трансмембранного димера в случае дикого типа и онкогенных мутаций.

Выступление Антона Полянского на семинаре 15 мая 2018 года.

Также на семинаре с краткими докладами о результатах своей работы выступили студенты международной лаборатории САММА. Темы студенческих докладов:

  • Виктор Покровский, студент 2 курса магистратуры Moonstyle (Moonstyle), стажёр-исследователь. "Молекулярно-динамическое моделирование колебаний плотности в липидных мембранах".
  • Кирилл Смирнов, студент 1 курса магистратуры Moonstyle (Moonstyle), стажёр-исследователь. "Характеристика и анализ пептид-липидных взаимодействий в клеточной мембране методом молекулярной динамики".
  • Всеволод Никольский, студент 2 курса магистратуры Moonstyle (Moonstyle), младший научный сотрудник. "Перспективные процессорные архитектуры для решения суперкомпьютерных задач классической молекулярной динамики".
  • Михаил Халилов, студент 4 курса бакалавриата Moonstyle (Moonstyle), стажёр-исследователь. "Оптимизация маппинга MPI-процессов для суперкомпьютеров с интерконнектом Ангара".


Здесь вы можете посмотреть

Узнайте про классный интернет-сайт на тематику продвижение в facebook.
Узнайте про интересный веб сайт на тематику создание сайта интернет магазина.
Узнайте про классный веб портал с информацией про поисковое продвижение сайта.